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Für die Abklärung von epigastritischen Beschwerden hat jede der Nachweismethoden ihren eigenen Stellenwert. 

Die '''Gastroduodenoskopie''' bietet den Vorteil, neben dem H. pylori-Nachweis makroskopisch den Zustand der Magenschleimhaut zu beurteilen, Material für die Histologie gewinnen und dadurch evtl. Folgekrankheiten wie Ulcera, Metaplasien, Karzinome, MALT-Lymphome und Riesenfaltengastritis (M. Ménétrier) erkennen zu können. {{Tooltip|text=Die Biopsie-Entnahmestellen basieren auf der Sydney Klassifikation der Gastritis. Sie umfassen 2 Probeentnahmen aus dem Antrum 2-3 cm vor dem Pylorus, sowie 2 aus dem mittleren Korpus (starker Konsens – Empfehlung). Die Sensitivität der Histologie steigt mit Anzahl der Probenetnahmen.  Es empfiehlt sich  die Probeentnahmen nach seperaten Lokalisation (Antrum, Corpus) zu verschicken, da eine korpusbetonte H. pylori-Gastritis eine höheres Karzinomrisiko als eine antrumbetonte H. pylori-Gastritis hat.  Die Biopsien sollten endoskopisch aus möglichst unauffälliger Mukosa entnommen werden.}}

Für eine zuverlässige H. pylori-Diagnostik sollte ein Intervall  von  2 Wochen nach Ende einer Protonenpumpeninhibitortheraphie (PPI) und 4 Wochen nach vorhergegangener H. pylori-Eradikations- oder sonstiger Antibiotikatherapie eingehalten werden.

Die '''mikrobiologische Diagnostik''' erfordert eine Gastroduodenoskopie mit einer Magen-Antrum- und Korpusbiopsie. H. pylori kann bei Verwendung eines speziellen Transportmediums auch im Labor angezüchtet werden. Dieses ermöglicht eine '''Resistenzbestimmung''', die vor allem bei Therapieversagen sinnvoll ist. Der '''C-Harnstoff-Atemtest''' und der '''Stuhl-Antigentest''' beschränken sich dagegen auf den Erregernachweis. Für die Differentialdiagnose chronischer abdomineller Beschwerden bei Kindern sind sie aber unverzichtbar. Ohne den belastenden Eingriff einer Gastroduodenoskopie wird so die frühzeitige Erkennung einer H. pylori-Infektion ermöglicht, die häufig im Kindesalter ihren Ursprung hat.

Stuhltests mit monoklonalem ELISA weisen H. pylori-Antigen nach. Diese Tests sind besonders für die '''Primärdiagnostik bei Kindern und bei jungen Erwachsenen''' ohne anamnestische Hinweise für ein klinisch bedeutsames Krankheitsbild (Gewichtsabnahme, Anämie, B-Symptomatik, etc.) geeignet. Sie sind außerdem auch bei Patient:innen, die regelversichter sind, zur Kontrolle des Erfolgs einer Eradikationstherapie bei Kindern und Erwachsenen zugelassen (frühestens 4 Wochen nach Ende der Therapie), ebenfalls zum Ausschluss einer Reinfektion.

Die eingesetzten Tests sind in Sensitivität und Spezifität dem '''C-Harnstoff-Atemtest''' vergleichbar und damit eine gleichwertige, leicht durchzuführende Option.

Der '''serologische Antikörper-Test''' kann als Screening bei V.a. chronische oder bei Z.n. H.pylori-Infektion eingesetzt werden, wenn eine Gastroduodenoskopie und der C-Harnstoff-Atemtest nicht möglich oder erwünscht sind. Außerdem kann die Serologie zum Nachweis von Virulenzfaktoren und Fragestellung nützlich sein; z. B. bei der Beurteilung der Durchseuchungssituation in einer Familie, einem Kindergarten etc.. Die Serologie ist zur Diagnosestellung der manifesten Infektion und zur Sicherung des Therapieerfolges nicht geeignet.